О жизни Богдана Хмельницкого до 1647 года известно очень мало. Местом рождения считается Суботов, в качестве года рождения указывают либо 1595[4]:70 (вычислен по сведениям венецианского посла Николо Сагредо, который в 1649 году писал в своём рапорте в венецианскую сеньорию, что Хмельницкому 54 года[5]), либо 1596[6]:153 год.
Наиболее распространённой является версия, что Богдан Хмельницкий происходил из шляхетского рода Хмельницких[4]:70[6]:153. Учился в иезуитском коллегиуме во Львове (1609/10 — 1615/16) (по другой версии — в иезуитском коллегиуме в Ярославле-Галицком (ныне Ярослав, Польша)).
Отец Богдана, чигиринский подстароста Михаил Хмельницкий[4]:70, был на службе у коронного гетмана Станислава Жолкевского, а затем у его зятя Яна Даниловича. В 1620 году он участвовал в походе Жолкевского на Молдавию и погиб в битве с турками под Цецорой[1][7].
Мать Богдана была казачкой[6]:153 и, скорее всего, звалась Агафьей (хотя это также может быть второе имя, полученное после перехода в монашеский чин)[К 1]. Имеются другие сведения, согласно которым мать его была дочерью шляхтича Богдана Ружинского и носила имя Анастасия-Агафия[9]. После смерти мужа она вышла замуж за шляхтича и «королевского солдата» Василия Шишко-Ставецкого (этот брак матери Богдана со шляхтичем свидетельствует в пользу её собственного благородного происхождения), который пережил её и во время восстания Хмельницкого служил в армии Речи Посполитой в Белоруссии. Его сын Григорий, брат Богдана по матери, переселился в Белгород в 1649 году, где женился на вдове, которая имела 4 детей.